Der gemeinsamen Trägerschaft der Kooperationsstelle entspricht ihre Organisationsform. Als gemeinsame Einrichtung der fünf Kooperationspartner ist sie angesiedelt an der Georg-August-Universität Universität Göttingen. Rund um den Kooperationsbereich Wissenschaft und Arbeitswelt erstreckt sich ihr Aktionsradius auf alle Einrichtungen der Partner und auf die gesamte Region Südniedersachsen und bei Bedarf auch darüber hinaus. Neben der Mittelzuweisung des Landes wird sie von allen Partnern finanziert und von einem paritätisch besetzten Beirat begleitet. Die beteiligten Hochschulen und Gewerkschaften stellen je vier ordentliche Mitglieder, denen Vertreterinnen und Vertreter zur Seite stehen.

Geleitet wird die Kooperationsstelle Hochschulen und Gewerkschaften von dem Sozialwissenschaftler Dr. Frank Mußmann.

Die Fachaufsicht der Universität Göttingen für die Kooperationsstelle obliegt der Arbeits-und Sozialwissenschaftlerin Prof. Dr. Nicole Mayer-Ahuja vom Institut für Soziologie.

Vorsitzende/r des Kooperationsbeirats sind abwechselnd die Fachbeauftragte Prof. Dr. Nicole Mayer-Ahuja von der Georg August Universität Göttingen und der Regionsgeschäftsführerin der DGB-Region Südniedersachsen-Harz Agnieszka Zimowska.